Λειτουργεί και για κλωνοποίηση

Παραδοσιακά, η επιλογή κλώνων βασιζόταν στη διαταραχή ενός γενετικού δείκτη (π.χ. μπλε και λευκή οθόνη βασισμένη στη διαταραχή του γονιδίου LacZ), ενώ η διατήρηση πλασμιδίων βασιζόταν σε γονίδια αντοχής σε αντιβιοτικά. Η ανάπτυξη φορέων που χρησιμοποιούν μονάδες επιλογής παρακάμπτει αυτά τα ζητήματα και επιτρέπει την ανάπτυξη βακτηρίων που φέρουν πλασμίδια με ενθέματα μόνο. Συνήθως, οι φορείς που χρησιμοποιούνται σε αυτά τα συστήματα εκφράζουν ένα προϊόν γονιδίου που είναι θανατηφόρο για ορισμένους βακτηριακούς ξενιστές. Το θανατηφόρο γονίδιο αδρανοποιείται με την εισαγωγή ενός τμήματος ξένου DNA και, επομένως, η τοξικότητα ανακουφίζεται. Η πιο αποτελεσματική τεχνική λύση παραμένει η εξόντωση βακτηρίων που φέρουν έναν φορέα χωρίς ένθεμα ή η επιλογή βακτηρίων που φέρουν τον ανασυνδυασμένο φορέα, η λεγόμενη θετική επιλογή. Η τεχνολογία ccdB που αναπτύχθηκε από την Delphi Genetics έχει αποδειχθεί επιτυχής προσέγγιση για την κατασκευή θετικών φορέων επιλογής.