Αν το Ocarina of Time είναι μια επική περιπέτεια, τότε το Majora's Mask πρέπει να χαρακτηριστεί ως διπλά επική περιπέτεια. Αυτή τη φορά, ο Link, ο ήρωας των Χυλιανών, αγωνίζεται ενάντια στον χρόνο για να λύσει το ανησυχητικό μυστήριο του Majora's Mask. Ο περίπλοκος διάδοχος του Ocarina of Time προσφέρει πολλές γραφικές εκπλήξεις και ξεκινά με μια προϋπόθεση που θα ταρακουνήσει τα θεμέλια των περισσότερων παιχνιδιών. Ο Link ζει ξανά και ξανά τις ίδιες τρεις ημέρες και νύχτες, έτσι ώστε να μπορεί να εξερευνήσει τον κόσμο του με τους χαρακτήρες που ζουν εκεί με έναν τρόπο που δεν έχει ξαναγίνει ποτέ.
Η πλοκή είναι σε πολλά βιντεοπαιχνίδια μάλλον δευτερεύουσα, αλλά στο Majora's Mask είναι αυτή που κινεί τα πάντα. Η ιστορία διατρέχει το παιχνίδι σαν ένα ζωντανό ον, εμφανίζεται όλο και πιο καθαρά εδώ και εκεί και αποκαλύπτει περισσότερες λεπτομέρειες για τη χώρα Termina. Ο Link παίζει σε αυτή την μυστήρια περιπέτεια τον ρόλο ενός καλά εξοπλισμένου ντετέκτιβ, που αποκτά νέες γνώσεις για τη ζωή γνωστών χαρακτήρων, αλλά και συναντά πολλά νέα πρόσωπα. Με την πρώτη ματιά, το Majora's Mask φαίνεται ασυνήθιστα σκοτεινό, αλλά συνήθως είναι μόνο ο φόβος του αγνώστου που δημιουργεί αυτή την καταθλιπτική ατμόσφαιρα. Όσο περισσότερα μαθαίνει ο Link για τον κόσμο, τόσο λιγότερο απειλητικός φαίνεται.
Η μυστηριώδης ιστορία αρχίζει μόλις τρεις μήνες μετά τη νίκη του Link επί του Ganondorf στο Ocarina of Time. Ο Link καθοδηγεί την Epona στην αναζήτηση της πιστής του φίλης, της νεράιδας Navi, μέσα από πυκνή ομίχλη. Προς έκπληξη της Epona, ξαφνικά εμφανίζονται δύο κακόβουλες νεράιδες μέσα στα σύννεφα, και το άλογο του Link υποχωρεί πανικόβλητο. Αποδεικνύεται ότι οι δύο νεράιδες είναι αδέλφια και ονομάζονται Tatl και Tael.
Όταν ο Link πέφτει στο έδαφος και χάνει τις αισθήσεις του, ένα μεταμφιεσμένο Horror Kid βγαίνει από την ομίχλη. Ο χαρούμενος αλλά και μακάβριος μασκοφόρος ληστής κλέβει την Ocarina του Link και αμέσως σκαρφαλώνει στην Epona. Ο Link φυσικά αρχίζει την καταδίωξη, αλλά δεν γνωρίζει ακόμα ότι καταδιώκει όχι ένα συνηθισμένο Horror Kid, αλλά ένα που έχει διαποτιστεί από τη μυστηριώδη δύναμη του Majora's Mask. Στο τέλος της καταδίωξης, ο Link ακολουθεί το Horror Kid άθελά του μέσα από μια μαγική πύλη που οδηγεί σε ένα παράλληλο σύμπαν.
Η νέα χώρα στην οποία βρίσκει τον εαυτό του ο Link ονομάζεται Termina, και αν και διαθέτει πολλά από τα γνωστά χαρακτηριστικά και κατοίκους του Hyrule, είναι ένας εντελώς δικός της κόσμος, που είναι μόνο συγκεχυμένα οικείος στον Link. Δεν αργεί να καταλάβει ότι έχει φτάσει στην Termina τη χειρότερη στιγμή. Όχι μόνο ένα Horror Kid προκαλεί καταστροφή, καθοδηγούμενο από τη σκοτεινή δύναμη του Majora's Mask, αλλά και το φεγγάρι θα πέσει στην ατμόσφαιρα μέσα σε μόλις τρεις ημέρες και θα καταστρέψει εντελώς τη χώρα. Ο Link ξέρει ότι αυτό δεν μπορεί να είναι σύμπτωση. Πριν από την αυγή της τέταρτης ημέρας, ο Link πρέπει να λύσει το μυστήριο του Majora's Mask με κάποιο τρόπο και να σώσει την Termina από τα τρελά σχέδια του ίδιου του φεγγαριού.
Οι μάσκες παίζουν σημαντικό ρόλο στην περιπέτεια του Link στην Termina. Πολύ νωρίς, ο Link συναντά έναν ταξιδιώτη έμπορο μασκών. Δεν είναι αμέσως σαφές αν αυτός ο αμφίβολος χαρακτήρας είναι με το καλό ή το κακό, αλλά ισχυρίζεται ότι είναι ο νόμιμος κάτοχος του Majora's Mask. Ο ταξιδιώτης έμπορος είναι επίσης αυτός που θέτει ένα ανώτατο όριο τριών ημερών για τις ηρωικές πράξεις του Link, ανάλογα με το άκαμπτο χρονοδιάγραμμα του καταρρέοντος φεγγαριού. Στη συνέχεια, ο περιπλανώμενος εκπρόσωπος του εμπόρου μασκών δίνει στον Link την πρώτη του μάσκα, τη μάσκα Deku. Όταν φορά αυτή τη μάσκα, ο Link μπορεί να μιλήσει με τους Deku Scrubs, οι οποίοι θα τον αγνοούσαν στην ανθρώπινη μορφή του.
Όταν ο Link φορέσει τη μάσκα Goron, μπαίνει στο σώμα ενός πεσμένου Goron που ονομάζεται Darmani. Ο Goron-Link είναι ένας από τους πιο ασυνήθιστους Goron που θα δεις ποτέ. Στη μορφή του λιθόφαγου Darmani, ο Link διαθέτει μια ισχυρή γροθιά καθώς και την ικανότητα να κυλιέται σε σχήμα σπινθήρα και να τρέχει γρήγορα. Αντίθετα, όταν ο Link φορέσει τη μάσκα Zora, μεταμορφώνεται σε Zora και αποκτά την ικανότητα να γλιστράει στο νερό όσο γρήγορα ένα δελφίνι. Φυσικά, ο Link πρέπει να χρησιμοποιήσει αυτές τις τρεις μάσκες συχνά για να λύσει τις αποστολές στο Majora's Mask. Υπάρχουν όμως πάνω από 20 άλλες μάσκες που του είναι χρήσιμες με άλλους τρόπους. Ορισμένες μάσκες επιτρέπουν στον Link να μιλήσει με συγκεκριμένους χαρακτήρες, ενώ άλλες του δίνουν ειδικές δυνάμεις, όπως η ικανότητα να τρέχει πιο γρήγορα. Έτσι, συχνά ανοίγεται μια τεράστια ποικιλία δυνατοτήτων.